进化树序列进化树
构建序列进化树的过程涉及多个关键步骤，首先是对序列进行比对。这通常通过选择合适的比对程序，如CLUSTALW，然后处理比对结果，提取系统发育数据。提取数据的准确性取决于处理歧义区域和indel状态的方法。比对过程可能部分依赖人工调整，需要预先设定系统发育标准，并通过评估方法选择比对参数，包括考虑序列的二级结构特征。
三种主要的建树方法——距离、最大节约（MP）和最大似然（ML）各有特点：距离树根据序列间的差异构建，最大节约试图用最少步骤解释差异，而最大似然则优化能产生观察数据可能性最大的树。最大似然方法计算每个位置的似然值，再累加整个数据集的似然，但计算量巨大，通常只能搜索一小部分可能的树。
搜索进化树的方法有穷举法和树枝跳跃法（BB），前者逐个评估所有可能的树，而BB则更高效地筛选出值得评估的树。现代分析倾向于使用启发式搜索，如TBR（分裂-重接）或快速检查相邻终端的组合，但都受限于数据量、硬件和时间。确定树根是关键，可以通过添加复制基因或分析平行基因来辅助。
评估进化树的健壮性和信号通常通过对比实验（如偏斜和排列实验）以及重新取样进行（如支持实验和似然比例实验），同时，要考虑取代模型的选择和数据中的系统发育信号。
扩展资料
进化树，英文Evolutionary Trees。在生物学中，用来表示物种之间的进化关系，又称“系统树”、“系谱树”。生物分类学家和进化论者根据各类生物间的亲缘关系的远近，把各类生物安置在有分枝的树状的图表上，简明地表示生物的进化历程和亲缘关系。在进化树上每个叶子结点代表一个物种，如果每一条边都被赋予一个适当的权值，那么两个叶子结点之间的最短距离就可以表示相应的两个物种之间的差异程度。从进化树中还可看出：生物进化有一个规律，都是从水生到陆生，从低等到高等，从简单到复杂。有相关图书一册。
多重随机标签